Egy program sokban különbözik egy motorkerékpártól
A szellemi befektetés védelmének nagyon sok eszköze van; jogi eszközök (szerzői jog, szabadalom, mintaoltalom), a marketing eszközei, és érdekes módon maga a kutatás-fejlesztés. A szoftveriparban annak tulajdonságai miatt a kutatás-fejlesztés befektetésvédelmi szerepe a domináns. A termékek rendkívül rövid elavulási ideje miatt csak úgy lehet a piaci pozíciókat megőrizni, ha azoknak újabb, több funkcionalitással rendelkező változatait bocsájtják a piacra. A piacvezetők próbálnak mindent megtenni azért, hogy a termékeik funkcióit ne lehessen más termékekkel kiváltani: hasznos (vagy kevésbé hasznos, de vonzó) funkciókat építenek a szoftverbe, egyedi fájlformátumokat, inkompatibilis protokollokat használnak. Az új funkciók a verseny szempontjából mindenképpen hasznosak. Az egyedi formátumok és protokollok ugyan technikai akadályt gördítenek a verseny elé, de ezek -mivel technikaiak- több-kevesebb R&D erőforrás segítségével leküzdhetőek. A további befektetésvédelmi módszerek -a marketing és a szerzői jog- tulajdonképpen az R&D eszközeit támogatják. Ez a helyzet ma. A szoftverszabadalmak bevezetésével ez a status quo borulna fel: a verseny elé támasztott akadályok ebben az esetben már nem technikaiak: a szabadalmas az új funkciók kifejlesztését, a termék funkcionális kiváltását lehetetlenné teszi. Ezáltal megszűnik a verseny, ami a fejlesztőket innovációra ösztönözte.
A helyzetet több körülmény súlyosbítja.
A szoftverek többek között abban különböznek a technikai területeken előforduló tárgyaktól, hogy a fejlesztésük nagyon egymásra épül: ma egy átlagos program több tíz, az Európai Szabadalmi Hivatalnál -a vonatkozó törvények ellenére- bejegyzett szabadalomba ütközik. Nem azért, mert a fejlesztők innen-onnan "ellopták" volna az ötleteket, hanem azért mert ezek a szabadalmak olyan megoldásokat írnak le, amelyek az adott probléma felmerülése esetén minden programozónak az eszébe jutnak. Ebből következik a "portfólió probléma": egy-két szabadalommal egy informatikai termelő tevékenységet folytató cég nem képes élni a nagyobb portfólióval rendelkező cégek ellen: egy esetleges szabadalmi igényre akár több tíz, a cég termékével kapcsolatos ellenigény lehet a válasz. Ha figyelembe vesszük, hogy a szoftverfejlesztések nagy részét olyan innovatív kisvállalkozások végzik, amelyek számára egy európai szabadalom bejegyzése is komoly anyagi terhet jelentene, látható hogy a szabadalmi védelem ezeknek a cégeknek nem megoldás. A következő probléma az, hogy a szoftverszabadalmak tulajdonképpen algoritmusokat fednek le. Az algoritmusokat az Európai Szabadalmi Egyezmény (EPC) nem véletlenül zárta ki a szabadalom tárgyai közül: az üzleti módszerek (pl a "one-click shopping" vagy az elektronikus bevásárlókosár) is algoritmusok; a szoftverszabadalmak nagy része nem más, mint ilyen üzleti módszerek számítógépesítésének monopolizálása. Ezek sok esetben a "valós" életben már meglévő dolgok virtuális analógiái, ezért azon kívül hogy számítógépen valósítják meg őket, nem sok újdonságot tartalmaznak. Viszont figyelembe véve azt a tényt, hogy már ma is az üzleti folyamatok nagy része számítógépes segítséggel folyik, könnyen belátható hogy ezek a monopóliumok nem csak az informatika fejlődését vetik vissza, hanem az informatikával az átlagosnál nagyobb kapcsolatban nem álló gazdasági szereplőkét is. Erre jó példa a raktárkészlet számítógépes nyilvántartására vonatkozó szabadalom: igen, ilyen szabadalmat is jegyeztek be. Ha ez a szabadalom felhasználható lenne, akkor annak szabadalmasa az összes termelő és kereskedelmi tevékenységet végző vállalat üzletmenetére negatív befolyással lenne.